2006년 8월 16일 노무현 대통령으로부터 헌법재판소장으로 지명되어 여성 최초의 헌법재판소장이 될 것으로 기대받았다. 대통령의 지명이 있기 이전, 헌법재판소장 임기의 6년 보장을 위하여 청와대, 전효숙 그리고 대법원 간의 내부 조율을 거쳐 전효숙 재판관은 임기 중이던 재판관 직을 일단 사직하였다. 그런데, 2006년 9월 6일 새천년민주당의 조순형 의원이 헌법재판소장 인사청문회 도중, 대한민국 헌법 제111조 제4항 “헌법재판소의 장은 국회의 동의를 얻어 재판관 중에서 대통령이 임명한다.”는 조항을 근거로 재판관직 사임으로 민간인이 된 전효숙 전 재판관의 헌법재판소장 임명 절차에 문제를 제기하였다.

한나라당이 조순형 의원의 논리에 동조함으로 인하여 인사청문회에서 여야의 입장이 팽팽히 맞섰다. 결국 이 문제가 전효숙 사태로 정치 쟁점화가 되어 한동안 국회는 파행 상황에 이르게 되었다. 새천년민주당, 민주노동당, 자유민주연합에서 절차 보완 후 국회 표결이라는 타협안을 제시했지만 채택되지 못하여 국회는 계속 공전하였다. 청와대에서 야당 측의 입장을 일부 수용하여 재판관 임명에서부터 절차를 보완하였지만 한나라당에서는 전효숙 전 재판관은 이미 재판소장으로서의 부적합한 인물이라며 반대하였고 일부 한나라당 의원들은 본회의장 단상 점거라는 실력행사를 하였다. 주선회 소장 대행이 소장 업무를 관장하였지만, 헌법재판소 소장직이 장기간 공백 상태로 방치되어 주위의 우려가 점점 커졌다. 한편, 학계에서는 절차 보완 후 국회 표결이 민주주의의 원리에 부합한다는 성명을 내기도 하였고, 다른 학자들은 사직 후 재임명이라는 편법은 후임 지명권자의 권한을 침해한다는 근거로 절차적 문제를 계속 제기하였다.